В структуре Института 6 лабораторий:

Лаборатория энергетики

Лаборатория геотермомеханики

Лаборатория комплексного освоения возобновляемых энергоресурсов

Лаборатория теплофизики возобновляемой энергетики

Лаборатория физико-химии термальных вод и экологии 

Лаборатория аккумулирования низкопотенциального тепла и солнечной энергии